pythonの環境作り
pyenvのインストール
CETNOS7やCENTOS8 どちらでも成功しましたので、CENTOS系をベースにして記載しています。
pyenv をインストールして、仮想環境でpythonをインストールし、システムで使っているpythonとの競合を
さけて、安心して作成し、移植性の高い環境を構築する。
以下のコマンドはすべて、root権限ではなく、個人ユーザー権限で行うこと。あくまで、
/home/XXXXX/.pyenv ディレクトリの下にすべてインストールされたツールを揃えて使う。
(参考ページ)
https://qiita.com/ksato9700/items/5d9eba10fe6b8e064178
git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv
自分はbash派ではないので、自分で、.cshrcに
setenv PATH /home/XXXX/.pyenv/bin:${PATH}
source .cshrc
として、ひとまず、pyenvコマンドを実行できるようにした。
これでpyenvのインストールは完了
which pyenv
として PATHが表示されればOK
anacondaのインストール
次に、
pyenv install --list
として、インストールが可能なpythonのバージョンやanaconda についてリストを調べる。
特別な事情が無い限り、最新のものを使う。
(参考ページ: anacondaについて)
https://udemy.benesse.co.jp/development/system/anaconda-install.html
anaconda については、パッケージ提供ツールということで、科学技術系のパッケージが
多く提供されている。このanacondaさえあれば、大気科学の研究には十分だと思います。
pyenv install anaconda3-2020.11
とすると、/home/XXXX/.pyenv/versions の下にインストールしたanacondaがあることを確認。
私の場合、anacondaと一緒にインストールされたpythonを使うので、pyenv では
pyenv install pythonXXXX のようにpython自体のインストールはしません。その方が
パッケージの依存関係が整理できます。あくまで、anacaondaで閉じるようにします。
setenv PATH /home/XXXX/.pyenv/versions/anaconda3-2020.11/bin:${PATH}
としてシステムにインストールされているpythonのパッケージよりも先にanacondaの
パッケージが見つかるようにします。これで、condaコマンドが使えるようになるはずです。
pyenv global anaconda3-2020.11
として、
pyenv version
としたときに、anacondaのところにアスタリスクが付いていれば、システムのpythonではなく、ローカルに
インストールしたpythonが使われます。
netCDF4のインストール
conda install netCDF4
cartopyのインストール
イギリス気象局(MetOFFice)が作成した地図投影法ツール。これがあれば、地図と重ねるのが簡単にできる。
conda install cartopy
（参考ページ）
https://ebcrpa.jamstec.go.jp/~yyousuke/matplotlib/cartopy.html
https://qiita.com/convection/items/6d5fa546d81fd5c9b452
xarrayのインストール
高速配列計算ツール。3次元や4次元配列のデータの線型内挿など、驚くべくほど、充実。そして早い。
（ある座標系のデータを違う座標系で書かれたnetCDFファイルと同じ座標に自動的に内挿）
conda install xarrary
（参考ページ）
https://qiita.com/shun-kusano/items/76869bc1f955748a246f
metpyのインストール
気象学のありとあらゆる描画をサポートするツール
conda install -c conda-forge metpy
(参考ページ)
https://unidata.github.io/MetPy/latest/userguide/installguide.html